育苗基质的好坏首先决定于基质的物理性质。在水培中，基质是否肥沃并不重要，一方面要起到固定植株的作用，另一方面为作物生长创造良好的水、气条件。基质栽培则要求基质具有良好的物理性质。反映基质物理性质的主要指标的颗粒大小（粒径）、容重、总孑L隙度、气水比等。那么选用育苗基质需要考虑的物理性质主要有以下几点：
（1）土壤成分；
（2）基质含水量；
（3）基质孔隙度；
（4）基质成分。
在育苗基质中重要的是持水量、通透性、阳离子交换率（CEC）和基质释放水的能力。基质释放水的能力与基质的持水能力同样重要。如岩棉的吸水能力很强，但它释放水也很快，所以在生产时必须考虑两点：基质中能保持的水量是多少？失去这些水需要多久的时间？一般来说，所用的材料越细，基质的持水性能越高。 育苗基质是幼苗发芽时营养和能量的主要来源，它可为幼苗提供大量的营养，如果子叶期的小苗根系吸收不良，或育苗基质的床温度过高，呼吸作用过强，都将因贮藏养分逐渐减少，光合同化产物很少，而使幼苗生长不良，子叶生长缓慢，而育苗基质所富含的多种微量元素很好的解决了这个问题。
育苗基质在生长过程中，不同器官的生长和发育是相互联系的，正常的表现为相互促进。茎叶的光合产物部分运输到根部，供根系生长，根系从土境中吸收的养分和水分又供给茎叶生长，使光合作用增强，增加了养分的积累和运转。但是，同化物质过多地用于茎叶生长，会影响花芽的分化。所以，应注意保持不同时期各器官生长发育的平衡。