10月份，果实开始进入成熟期，花柄逐渐衰老、腐败，果实陆续漂浮于水面。通常前期浮在水面的果实内所含的种籽数量较少，种籽质量较差；因此，应把11月5日前漂在水面的果实捞出丢弃；11月5日以后漂浮到水面的果实质量较好，但果实内部分种生理上并未完全发育成熟，需漂浮于水面进一步发育，至12月中下旬方可捞出晒干。12月底收获完毕。池中剩余的果实也不宜留作种用。草种单产一般为10kg/667平方米左右。
苦草分配于有性繁殖部分的生物量较无性的大，分别占总生物量的25.0%±13.8%和10.1%±7.0%。雌花数与座果率平均分别为22.9±13.8朵·株-1和73.3%±17.9%。雄株可以产生11~33个佛焰苞，每个佛焰苞内平均含有364±38朵雄花，每个雄花产生的花粉为128~184粒。每个果实内种子丰富，多达150~360粒，估算太湖苦草种群立地种子量可达1.68×104~1.01×106个·m-2。但每年种群主要来自地下块茎和匍匐茎，水深、风浪等可能是种子苗难以在湖泊中定植成功的主要因素。
块茎发芽对光照需求不大，但温度对块茎的发芽率有较大影响，10℃时发芽率为20.3%±5.7%，20℃时较高，达90.2%±12.6%，30℃时发芽率降低至60.4%±7.6%。5)光照对幼苗生长有一定影响。有光照的幼苗伸长生长比无光条件下慢，但生物量积累较大，有光的苗生长速度平均为0.56~0.70cm·d-1，无光的为0.86~0.96cm·d-1。试验结果还显示，苦草的块茎苗初期的伸长生长主要依赖于基部的根茎生长。6)根据研究结果认为，在湖泊中恢复苦草种群应主要利用地下块茎，种子只适用于相对静止的浅水池塘种植。