内置式水箱自洁消毒器和外置式水箱消毒器在结构上的区别：
内置式水箱消毒器是一台臭氧发生器主机和一台曝气罐组成，曝气罐内有曝气盘，而外置式的是一台臭氧发生器里面有水泵和射流器。
2． 两者在与水的混合方式上的不同：
内置式水箱自洁消毒器是通过曝气盘和曝气罐与水混合，把臭氧大气泡变成小气泡增大于水的接触面积，从而增加溶解量。外置式的是通过射流器，当水泵吸水产生负压，水流急速通过射流器的狭小管道的时候，外界压力大于射流器压力的时候，臭氧就会被吸入管道与水混合，外置式混合更充分，速度更快。外置式主要安装在水箱外部，水通过25的管道进入设备内消毒，消毒后的水经回水管流到水箱内部;内置式是安装到水箱内部的，机电混合器在水箱内部安装，控制柜在水箱外部安装，中间通过线缆、气管连接，机电混合器在水箱内部，机电混合器内有混合泵在水箱内部以达到更好的消毒效果。
3．在使用方式上的不同：
外置式水箱自洁消毒器是安装在水池的外部，经过水泵循环使臭氧溶解在水中，一般功率较大，消毒器的臭氧产量高的情况下使用，价位较高。内置式水箱自洁消毒器是把曝气装置固定在水箱内部，使用简单，功率较小，与水的混合率相对于外置式的较低一点。
