1、微生物菌肥是根据植物营养学原理、土壤微生态学原理、以及现代“有机农业”的基本概念而研制出来的，可适用于各种类型的土壤，一般讲，凡是有植物生长的土地都可以施用微生物菌肥来进行改良土壤，减少化学肥料的使用而促进作物的生长，这有助于让土壤重返自然状态，让土壤的PH值平衡至作物需要的程度。
2、微生物菌肥还能提高土壤保水、保肥、抗寒能力，快速形成有益菌群增强作物的抗病能力，阻止病原菌入侵，增加土壤中的有机质，减少植物的病虫害。还能提高农作物产量，促进农作物生长，改善和还原农产品品质等功能。
3、微生物菌肥的特殊作用是提高化肥的利用率，根据我国作物种类和土壤条件，采用微生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，减少化肥使用量，还能降低成本，改善土壤及作物品质，减少污染。微生物肥料中的有益微生物能产生糖类物质，占土壤有机质的0.1%，与植物粘液，矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失。
