确定认证类型与范围：明确企业是需要森林经营（FM）认证还是产销监管链（COC）认证。森林经营单位（如林场）应申请FM认证，涉及森林采伐、更新等活动；林产品加工商、制造商或贸易商则需要COC认证，涵盖采购、加工、销售等环节。确定认证的产品范围，例如是所有木材产品还是特定种类。
选择认证机构：认证机构需获得FSC的认可。企业可通过FSC官方网站查询认证机构名单，综合考虑机构的信誉、专业水平、费用以及在当地的服务能力等因素进行选择。
提交申请：企业向选定的认证机构提交书面申请，包括填写申请表，提供企业基本信息（如名称、地址、联系方式、企业性质等）、产品信息（产品种类、用途、原材料来源等）以及希望认证的范围等内容。
文件审核：认证机构收到申请后，对企业提交的文件进行审核。文件包括企业的管理文件（如质量管理体系文件、环境管理体系文件等）、森林经营计划（针对FM认证）或产销监管链程序文件（针对COC认证）等。审核目的是检查文件是否符合FSC认证的基本要求，以及能否有效指导企业的生产经营活动以满足可持续森林经营或产销监管的标准。
现场审核：文件审核通过后，认证机构安排现场审核。对于FM认证，审核员实地考察森林经营区域，检查森林经营活动是否符合FSC标准，如采伐方式是否合理、是否采取生态保护措施、森林更新计划是否有效实施等。对于COC认证，审核员检查企业的采购、加工、销售等环节，确认产品的原材料来源是否为FSC认证的木材，以及整个产销过程能否保证产品的可追溯性和合规性。
整改与改进：若在现场审核中发现不符合FSC认证标准的情况，企业需根据认证机构提出的整改意见进行整改。整改期限由认证机构规定，企业需在规定时间内完成整改并提交整改报告。
认证决定：认证机构在收到企业的整改报告并确认企业符合FSC认证标准后，做出认证决定。